- Šakališkiai
- Šakiai
- Šakimas
- Saladiškės
- Saliniavietė
- Saliniškis
- Salos
- Šaltabarščiai
- Šalteniai
- Šaltupys
- Šaltupys
- Sanklodiškės
- Sarakiškiai
- Šareikiškiai
- Šarkiškiai
- Saukiškiai
- Šaukšteliškiai
- Šaukšteliškiai
- Savidėnai
- Ščiūriškiai
- Ščiurys
- Ščiurys
- Sedūniškis
- Šeikiai
- Šeikiškė
- Semeniškis
- Semenuvka
- Šemetiškiai
- Šeštokiškės
- Šešuoliai