- Smilgės
- Sniegiškės
- Sniegiškės
- Sniegiškės
- Šniukštai
- Sodžiai
- Sruogiškės
- Stačiūnai
- Štadviliai
- Stainiškės I
- Stelmužė
- Steponiškės
- Sterlionys
- Stonupis
- Strepčiškės
- Stukiškė
- Stumbrinė
- Subatiškės
- Subatiškis
- Šukiškės
- Šunelė
- Surgedai
- Suvėnai
- Suviekas
- Svidžiai
- Svigariai
- Sviliškės
- Sviliškiai
- Švilpiškiai
- Sviriškės