- Stukai
- Stukonys
- Subačius
- Subačius
- Suvainiai
- Suvainiškis
- Švedukalnis
- Svideniai
- Sabonėliai
- Šakalynė
- Šakiškiai
- Samanynė
- Šambalioniai
- Šambalioniškis
- Šambališkiai
- Sargėnai
- Šarkinė
- Šatrėnai
- Šaukliai
- Savitiškis
- Senamiestis
- Sendvaris
- Senkeliškis
- Šerpliškiai
- Šeškai
- Šiaudinė
- Sidziūnai
- Šilagalys
- Šilagalys
- Šilai